한민족의 삶의 터전을 무참하게 파괴한 한국전쟁은 남북한지역에 살고 있는 화교들에게도 막대한 피해를 주었다. 이로 인한 북한 화교사회의 변화도 컸다. 먼저 해방 직후 4만여 명에 달했던 화교인구가 전쟁이 끝난 후 만여 명으로 급감했다. 인구감소의 주요한 원인은 전쟁 시기 북한화교들이 집단 귀국했기 때문이다. 전쟁발발 후 북한화교의 중국 집단 귀국은 남한에서 올라온 화교로부터 시작되었다.
 

1950년 8월 서울의 화교 20여 명이 평양으로 피난을 왔다. 이들은 본적지인 산동성(山東省)으로 돌아갈 것을 희망하여 평양의 중국주조선대사관(中國駐朝鮮大使館)에 귀국증명서 발급을 신청했다. 당시의  대사인 니에즈량(倪志亮)은 “이들 대부분은 상인이지만 이 속에 미국과 장개석의 스파이가 있을 가능성이 있다”며, 처리 방안에 대한 중국 정부의 지시를 요청했다. 8월 26일 중국 정무원 총리인 저우언라이(周恩來)는 “귀국을 원하는 화교들의 요구를 무시할 수 없다”는 이유로 북한 외교부와 협상하여 그들에게 귀국 증명서를 발급해주도록 지시했다. 이로 미루어 볼 때 중국 정부는 전쟁초기 화교의 귀국을 적극적으로 수용하는 입장이었다는 것을 알 수 있다.
 

1947년 발간된 북한의 통계에 따르면, 당시 북한화교의 인구는 4만 863명이었다. 이 가운데 평안북도, 평안남도, 황해도를 비롯한 북한 서부지역 화교인구가 3만 1,296명으로 대부분을 차지했다. 1950년 9월 15일 인천상륙작전 이후 한국군의 반격이 시작되자, 10월 말 중국인민지원군이 한국전쟁에 참전하게 되었고 전쟁은 장기전에 돌입했다. 북한 서부지역이 주요한 전쟁터가 되면서 이 지역 화교의 상당수가 중국대사관에 귀국신청을 했다. 대사관측은 귀국을 희망하는 화교에 대한 조사를 화교연합회에 위임했다. 대사관은 연합회가 작성한 보고서를 근거로 화교의 귀국 여부를 결정했으며, 허가한 화교에게는 ‘집단비자’를 발급해 주었다. 
 

그러나 1950년 11월부터 1951년 3월까지 귀국한 화교는 952명이었다. 귀국화교의 인구는 북한 서부지역 화교 인구의 3%에 지나지 않았다. 중국정부가 북한화교의 귀국에 대해 이전의 관용적인 태도에서 엄격한 태도로 바뀐 것을 알 수 있다. 방침 변경의 이유는 우선 중국지원군에게 북한정부나 지방 주민과의 연계가 불가피했는데 북한화교는 그 연결고리 역할을 담당할 수 있었기 때문이다. 둘째, 당시 북한 거주 화교 가운데 식민지시기 국민당 당원이나 지주의 신분을 가진 ‘불순분자’가 있었기 때문이다. 셋째, 화교 귀국에는 정부의 인원과 비용이 발생하기 때문이었다. 이러한 원인으로 중국정부는 1950년 말부터 북한화교의 귀국을 제한하는 입장을 취했다.
 

중국정부는 1951년 4월 ‘집단비자’를 가족을 단위로 하는 ‘귀국증명서’로 바꾸었다. 그리고 증명서 발행에 관한 조건과 절차를 명확히 정했다. 귀국신청자는 우선 보증인을 세워야 했고 그 다음으로 도와 군의 각급 화교연합회의 심사를 받아야 했다. 또한 신청자가 거주하는 지역의 북한 지방정부의 허가를 얻어야 했다. 이러한 절차를 밟은 신청자에 한해 중국대사관이 최종 심사를 했다. 이 시기 대사관의 판정 조건은 크게 두 가지였다. 사상적으로 문제가 없어야 했고, 실제 조선에서 생활할 수 없을 정도로 빈곤해야 했다. 중국대사관이 1951년 4월부터 8월까지 발급한 귀국증명서는 242호, 750명이었다. 이러한 제한조치는 1952년 4월까지 지속되었다.
 

한편, 중국의 화교사무위원회부주임(華僑事務委員會副主任)인 랴오청즈(廖承志)는 1952년 5월 귀국을 희망하는 화교의 요구를 수용해야 한다는 지시를 내렸다. 이 지시는 중국정부의 조선화교 귀국문제에 대한 방침을 크게 전환하는 계기가 되었다. 사상적으로 문제점이 있던 화교에게도 귀국증명서가 발급되었다. 1952년 5월과 6월 사이에 3천여 명의 화교가 귀국했다. 7월부터 11월까지는 1,138호가 귀국수속을 마쳤다. 이 시기의 귀국화교는 대부분 신의주를 거쳐 귀국했다.  
 

중국정부는 1952년 11월 중국동북인민정부와 협의하여 북한화교 1만 명의 귀국 계획을 수립했다. 이 계획의 추진을 위해 화교사무위원회는 직원을 중국 단동으로 특파했다. 또한 귀국화교의 임시거주시설과 관리인원의 증가, 화교의 귀국 후 배치지역 및 직업선택 등의 문제에 대해 대책을 세웠다. 그 결과 12월 5일부터 약 두 달 간에 2,839호, 1만65명이 예정대로 귀국했다. 그 후 전쟁이 거의 종료되는 1953년 6월까지 3천여호의 화교가 추가로 귀국했다.  
 

1953년 7월 27일 휴전협정이 조인되어 한국전쟁은 막을 내렸다. 주조선중국대사관이 1953년 하반기에 발급한 귀국증명서는 72호에 불과했다. 이후 북한화교의 집단 귀국은 거의 사라지게 된다.